La Théorie des touts et des parties (Recherche III) et L’idée de la grammaire pure (Recherche IV) complètent la théorie de l’abstraction idéatrice et de la signification exposée dans les deux premières recherches. L’objet de la phénoménologie, ce ne sont jamais des faits de nature, mais des essences. Il y a des possibilités et des impossibilités essentielles, a priori de l’organisation du champ de conscience et du réel, comme de celle de l’expression signifiante et du discours. Jetant les bases d’une « ontologie » phénoménologique, les Recherches III et IV annoncent les Idées directrices pour une phénoménologie (1913) et Logique formelle et logique transcendantale (1929).
La Recherche V forme la clef de voûte de l’édifice. Consacrée aux « vécus intentionnels » et à « leurs contenus », elle propose la théorie phénoménologique de la conscience définie par sa structure intentionnelle. Husserl y précise ce qui le rapproche et ce qui le distingue de la psychologie descriptive de Brentano ou du néokantien Natorp. Il écarte toutefois l’hypothèse d’un « moi pur » que, par la suite, il jugera nécessaire de rétablir.
Loin d’alourdir l’exposé, ces références offrent l’intérêt de montrer à l’œuvre et sur le vif l’édification d’une vision originale. Quoique prise encore dans la gangue d’un langage désormais caduc, elle soumet à la critique la notion classique de représentation. En établissant des distinctions aussi fondamentales, Husserl propose, pour exprimer ce qui n’était pas encore exactement exprimable, une nouvelle terminologie, en particulier celle de la corrélation entre « noèse » et « noème ».