Dans l’Exposé de la philosophie rationnelle pure professé par Schelling dans les années 1847-1852, Malebranche est présenté comme un jalon majeur de l’histoire des conquêtes remportées graduellement par la raison moderne : pour avoir eu l’audace de désigner Dieu même par le seul mot de « l’Être », il aurait su donner son vrai nom au concept suprême de la raison. Schelling propose toutefois une critique perspicace de son ontologie, critique qu’on a voulu mettre ici à l’épreuve des textes de Malebranche. Elle engage en effet des questions décisives pour la compréhension de la métaphysique du philosophe français : 1) Que faut-il que soit Dieu pour que l’idée de « l’être » suffise à le penser ? 2) Si cette idée est celle de l’être « en général », l’ontologie de Malebranche ne prend-elle pas le risque de parler abstraitement de la Divinité, en outre d’être univoque ? 3) Comment Dieu peut-il bien être incompréhensible s’il est seulement celui qui comprend en lui-même tous les intelligibles ? 4) En quel sens sa substance est-elle participable par les êtres qu’il crée, et d’où lui vient au juste cette possibilité qu’elle a depuis toujours d’être participée ?